18世纪末，英国人克里•威廉（William Carey）在圣灵感动下，出版《基督徒须竭力领异教徒归正的责任之探讨》（An Enquiry into the Obligations of Christians to use Means for the Conversion of the Heathens）小册子，号召教会和信徒往普天下去，将福音传到异教地区，不少人相应其号召，海外宣教差会如雨后春笋般在英美各国建立。

1795年，英国公理会信徒及部分长老会会友组织成立英国伦敦会，旨在向海外（特别是远东地区）宣教。1807年，伦敦会差遣马礼逊来华，拉开了伦敦会在华宣教序幕。

1844年7月，伦敦会宣教士施敦力（施约翰）夫妇抵达鼓浪屿，建立传教站。由于信徒不多，伦敦会在鼓浪屿很长时间里没有建立自己的教堂，只有被称为“旧福音堂”的布道所以及与美归正会、英长老会联合建立的国际礼拜堂（后改称协和礼拜堂）。

直到1894年教会才在鸡母山建立“新礼拜堂”，该堂为厦门泰山堂会的支堂。伦敦会还在鸡母山一带建立一座1800平方米的楼房，作为省议会所在地，来厦宣教士大都在此居住、学习，然后再前往闽南各地宣教。

1901年，岛上信徒日渐增多，教会遂决定在鼓浪屿建立一所教堂。于是，厦门泰山、关隘内两堂的华人信徒踊跃捐款，并由西方人代购土地，在日光岩下建立一座教堂。1903年，教堂竣工，称“福音堂”。此教堂为华人自治、自养、自传的堂会。

林温人为堂会首位会正，1909年，林到竹树堂任牧师，堂会由王玉瑜负责。1926年，厦门区会审批福音堂为“鼓浪屿堂会”。次年，教会选举陈秋卿为首任牧师。并选举蔡益辉、吴着盔、蔡杨白、陈淑俭为长老，蔡安慰、廖淑媛、谢英、叶谷虚、王宗仁、林美、林振明、周宗桥、力戈登(英)、林幸福、王莱、陈玉为执事。

教会各项活动，概由长执会、堂议会负责。教会组织主日学、勉励会、识字运动、布道团、探访团、招待团、唱歌团等团体。堂会分为几个宣传区，以长执为区长。区又分组，以老信徒为组长，辅导信徒的灵命成长。此工作皆为义务。同工达100多人。在30、40年代，信徒每年平均捐款达4000多元(法币)。款项用于补助国内布道会、支会、宣道会、传道公会、学校医、孤儿院及教会兴办的慈善事业。

1930年，福音堂的信徒增多，教会遂在鼓浪屿内厝沃兰花脚公平路18号建立支堂，称讲道堂。鼓浪屿沦陷时，陈秋卿到菲律宾“探视教会”，直到抗战胜利后返厦。这段时间的教务曾由严天佑负责。

1948年，陈秋卿牧师到台湾定居，厦港堂的周清泽牧师接任。他与陈其凯传道（讲道堂）、方美玉长老、欧阳淑身传道（讲道堂）等牧养教会。50年代初，教会加入三自。何恩及和周美丽两位女传道到教会侍奉。1956年，何恩及和陈其凯被福建三自会按立为牧师，何成为中国首位女牧师。这段期间，杨永年被任命为讲道堂传道。

1958年，伦敦会系统的福音堂、讲道堂并入三一堂，陈其凯任基督教青年会总干事，何恩及和杨永年到三一堂侍奉。文革期间，福音堂和讲道堂均被占用，改革开放后被教会收回。目前福音堂为百合园托老院。

伦敦会重视鼓浪屿的教育事业。施敦力在岛上成立福音小学，为鼓浪屿最早的小学。19世纪50年代，为培养中国传道人，教会又建立观澜圣道学校（后并入美归正会的回澜圣道学校）。

20世纪初，陈希尧在乌棣角建立民立小学。为了更好地进行管理，陈希尧提议将民立小学和福音小学合并，并得到教会批准。1909年，福民小学成立，陈希尧为首任校长。后陈前往南洋宣教，叶谷虚接任。在他的带领下，福民小学教学质量日益提高，为教会、社会输送了不少人才，成为鼓浪屿的名校。

1898年，伦敦会宣教士山雅各和英长老会合作建立英华书院，为厦门二中的前身。此外，伦敦会还建有澄碧中学，后与寻源中学合并。